Giethoorn is omstreeks 1230 gesticht door een groep flagellanten of zelfgeselaars. Deze eerste bewoners kwamen uit gebieden rond de Middellandse Zee, die door grote rampen als watersnood en pest werden geteisterd. Zij vonden hier grote hoeveelheden horens van wilde geiten, die waarschijnlijk in 1170 tijdens de St. Elisabethsvloed waren omgekomen. Ze noemden hun nederzetting Geytenhoren. Later is deze naam verbasterd in Geythorn en uiteindelijk Giethoorn. Het karakteristieke dorp vindt zijn oorsprong in de vervening. De turfgravers van vroeger gingen ongeorganiseerd te werk. Ze haalden op de voor hun gunstigste plaatsen het veen uit de bodem, mengden dit in een mengbak en gooiden het op het land om het te laten drogen. Daarna werd er turf van gestoken. Het merengebied rond Giethoorn is door deze vervening ontstaan. Om de turf te vervoeren groef men vaarten en sloten. Veel huizen in het dorp zijn daardoor als het ware op eilandjes gebouwd. Via een verhoogde brug zijn deze vanaf het voetpad door het dorp te bereiken. Het vervoer vindt in Giethoorn van oudsher plaats over water in zogenaamde punters of vlotten. Dit alles geeft Giethoorn een schoonheid, die haar weerga niet kent.
